6#ifndef BALL_QSAR_KERNEL_H
7#define BALL_QSAR_KERNEL_H
9#ifndef BALL_QSAR_LINEARMODEL_H
13#ifndef BALL_QSAR_MODEL_H
17#ifndef BALL_QSAR_EXCEPTION_H
21#ifndef BALL_QSAR_REGRESSIONMODEL_H
50 EIGEN_MAKE_ALIGNED_OPERATOR_NEW
67 void calculateKernelMatrix(Eigen::MatrixXd& K, Eigen::MatrixXd& m1, Eigen::MatrixXd& m2, Eigen::MatrixXd& output);
71 void calculateKernelVector(Eigen::MatrixXd& K,Eigen::VectorXd& m1, Eigen::MatrixXd& m2, Eigen::RowVectorXd& output);
79 void gridSearch(
double step_width,
int steps,
int recursions,
int k,
bool opt=0);
114 void gridSearch(
double step_width,
int steps,
bool first_rec,
int k,
double par1_start,
double par2_start,
bool opt);
void calculateKernelMatrix4(Eigen::MatrixXd &input, Eigen::MatrixXd &output)
Kernel(Model *m, const LinearModel &lm, int column)
void gridSearch(double step_width, int steps, bool first_rec, int k, double par1_start, double par2_start, bool opt)
void calculateKernelMatrix1(Eigen::MatrixXd &input, Eigen::MatrixXd &output)
void calculateWeightedKernelMatrix(Eigen::MatrixXd &m1, Eigen::MatrixXd &m2, Eigen::MatrixXd &output)
void calculateKernelMatrix1(Eigen::MatrixXd &m1, Eigen::MatrixXd &m2, Eigen::MatrixXd &output)
void calculateKernelMatrix(Eigen::MatrixXd &K, Eigen::MatrixXd &m1, Eigen::MatrixXd &m2, Eigen::MatrixXd &output)
Kernel(Model *m, String f, String g)
void calculateKernelMatrix4(Eigen::MatrixXd &m1, Eigen::MatrixXd &m2, Eigen::MatrixXd &output)
void calculateKernelMatrix3(Eigen::MatrixXd &input, Eigen::MatrixXd &output)
void calculateKernelMatrix3(Eigen::MatrixXd &m1, Eigen::MatrixXd &m2, Eigen::MatrixXd &output)
void calculateKernelVector(Eigen::MatrixXd &K, Eigen::VectorXd &m1, Eigen::MatrixXd &m2, Eigen::RowVectorXd &output)
Kernel(Model *m, int k_type, double p1, double p2=-1)
Kernel(Model *m, Eigen::VectorXd &w)
void gridSearch(double step_width, int steps, int recursions, int k, bool opt=0)
void calculateKernelMatrix2(Eigen::MatrixXd &m1, Eigen::MatrixXd &m2, Eigen::MatrixXd &output)
void calculateKernelMatrix(Eigen::MatrixXd &input, Eigen::MatrixXd &output)
void calculateKernelMatrix2(Eigen::MatrixXd &input, Eigen::MatrixXd &output)
void calculateWeightedKernelMatrix(Eigen::MatrixXd &input, Eigen::MatrixXd &output)